El capitán de Universidad de Chile, José Rojas, anunció que deja el club en el cual se ganó una camiseta en el plantel absoluto en el 2003. En la U ganó 10 títulos, incluyendo el máximo trofeo de la tienda estudiantil: La Copa Sudamericana.

En el año 2006 tuvo un breve paso por Independiente de Avellaneda, hasta donde llegó producto de sus regulares actuaciones en las temporadas previas defendiendo a los azules, pero una escasa continuidad le llevó de regreso a las huestes "laicas", en las cuales registró siete conquistas.

El primer título, Apertura 2004: En el campeonato que abrió la temporada del 2004, Rojas fue número puesto en un plantel que logró alzar el trofeo tras vencer vía penales a Universidad de Chile, en Calama, con un recordado disparo de Johnny Herrera desde los 12 pasos.

Luego de ese trofeo debieron pasar cinco años para que Rojas volviera a levantar una copa con los azules, cuando superaron a Unión Española en la final del Torneo de Apertura del 2009.

De la mano de Jorge Sampaoli, la U logró su primer título, y el tercero de Rojas, en el Torneo de Apertura 2011, cuando dieron vuelta una serie final ante U. Católica, tras caer 2-0 en la ida. En la revancha tres goles de Gustavo Canales y uno de Edson Puch le entregaron el trofeo a la U. Fue el primero de "Pepe" con la jineta de capitán.

En el Clausura 2011 también se quedaron con el trofeo, a costa de Cobreloa, y fue la segunda copa consecutiva de la era Sampaoli en el ámbito local.

En el Apertura 2012 los azules se consagraron tricampeones tras una polémica final con O'Higgins, en que la U ganó vía lanzamientos penales.

Copa Chile 2012-2013: Además, la U se quedó con la Copa Chile disputada en la temporada 2012-2013 cuando derribaron 2-1 a U. Católica en la final, disputada en Temuco.

También Rojas pudo levantar la copa en el Torneo de Apertura del 2014, tras una infartante definición en que derrotaron a Unión La Calera y Colo Colo cayó ante S. Wanderers.

En la Supercopa 2015 los "laicos" derrotaron a Universidad de Concepción, por 2-1. Fue el noveno título de José Rojas.

En tanto que en la Copa Chile 2015 Rojas consiguió su último título con la escuadra azul, venciendo en la gran final a Colo Colo, vía lanzamientos penales.

El máximo logro: La Copa Sudamericana 2011 fue el primer título internacional que alcanzó Universidad de Chile. José Rojas fue capitán del equipo que conquistó el trofeo.